La celebrazione della prima Santa Messa fu fatta, non con le solite solennità del tempo e del luogo, degne del suo rango di giovane nobile, ma in privato. Poté così lasciare pieno sfogo all'amore che aveva nel cuore, abbandonandosi totalmente nelle mani di quel Cristo che si era fatto presente per la prima volta per il suo ministero. Tale fu l'ardore che - dicono i testimoni - una corona di angeli si fece presente, quasi a rendere visibile l'invisibile calore d'amore che c'era in quest'uomo.

Da sacerdote iniziò il ministero, sempre divorato dalla fiamma del fervore d'amore, ricevuta nel battesimo, e cresciuta sempre più nel tempo, fu un ministero tutto personale, spesso in contrasto con il modo di fare nel tempo, basato su tre aspetti: la catechesi ai piccoli, la dottrina agli adulti e salendo sul pulpito spiegava in modo semplice e chiaro, in modo da essere compreso da tutti, la dottrina cristiana e le leggi morali, quindi la presenza nel confessionale, perdonando in nome di Cristo le anime ed esortando con gran fervore ad abbandonare il peccato e a crescere nell'amor di Dio e del prossimo. Ma quel fuoco interiore non lo lasciava in pace e, al di là del gran bene che faceva, lo spinse ad accogliere la proposta di essere cappellano della contessa Ludovica Torelli, di Guastalla, era una tappa attraverso la quale, dalla provinciale Cremona sarebbe poi arrivato in quella Milano, dove avrebbe avuto inizio un nuovo corso, pieno di cose grandi, con l'apertura di nuovi cammini, che da lui avranno inizio e che si prolungheranno nel tempo, fino ai giorni nostri, con la prospettiva di continuare nei secoli futuri.
Col trasferimento a Guastalla ebbe modo di conoscere, stimare e lasciarsi guidare da un frate domenicano, Fra' Battista da Crema, già confessore della contessa Torelli, che divenne poi padre spirituale dello Zaccaria; da lui spronato, riprese vigore quel volere approfondire il cammino di perfezione cristiana che era sempre stato caro al suo cuore, curato anche a Cremona nel Cenacolo detto "dell'amicizia", presso la chiesetta di San Vitale, dove si era sforzato di rinnovare uomini e donne secondo l'insegnamento evangelico.
Spinto dalla stessa fiamma, quella cioè di prendere sul serio la perfezione cristiana, si fece apostolo nella casa della Torelli, non solo della contessa e dei suoi intimi, ma di tutti i frequentatori, ospiti e servi compresi. AI seguito della Torelli si trasferì a Milano nel 1530, ove la contessa aveva acquistato dei beni immobili, e venne a contatto ancora una volta con le miserie spirituali del tempo, come la decadenza dei costumi, la povertà spirituale degli ecclesiastici e la rilassatezza dei consacrati maschi e femmine, oltre alle altre tante miserie umane di nobili e plebei, favorite anche dalle varie guerre succedutesi nel tempo. Ma anche incontrò presso l'oratorio dell"'Eterna Sapienza" persone attente alle cose dello spirito, frequentato, tra gli altri, dal domenicano Michele Ghislieri, che divenne poi papa con il nome di Pio V, e che poi la Chiesa riconoscerà come santo, e ancora oggi ne celebriamo la memoria il 30 aprile. Lo Zaccaria ne divenne uno dei frequentatori più convinti. E fu lì che incontrò altri due innamorati di Cristo, il conte Bartolomeo Ferrari e Giacomo Morigia, con i quali, sempre sotto la direzione del domenicano fra' Battista da Crema, diede inizio al movimento dei "Paolini", vale a dire di quei fedeli, sacerdoti e laici, che vedevano, in San Paolo Apostolo, l'esempio e la guida per il proprio cammino spirituale oltre che l'ansia apostolica per la salvezza delle anime. 

Lo Zaccaria, sfinito dal tanto apostolato, provato dalle persecuzioni, sentendosi venir meno, ritornò a Cremona da sua madre, ove spirò il 5 luglio 1539. Testimoni presenti affermarono che poco prima di rendere l'anima a Dio ebbe una visione di paradiso, dove gli apostoli supplicarono il Padre celeste di aver subito con sé Antonio, Paolo disse invece che era ancora necessario per la sua piccola congregazione, ma gli apostoli insistettero, e il Padre lo volle con sé, perché proteggesse la congregazione dal cielo.