La navata

L'interno colpisce per l'altezza dell'unica navata a volta e per la sobrietà dell'ornamentazione barocca.
L'imponente «retablo» dell'altare maggiore avvia il suo slancio da quattro candidi plinti marmorei dai quali balzano quattro alte colonne abbinate corinzie, in rosso veronese, che sostengono elementi di trabeazione spezzata e, mentre terminano lo spazio inferiore, costruiscono il basamento per le due statue simboliche della Fede e della Carità, sostenendo pure il frontone ornato di putti, al quale aderisce il cartiglio dedicatorio.
Tra questa cornice marmorea è serrata la pala in cui il pittore genovese Traverso rappresenta, uno po' enfaticamente, il martirio di S. Sebastiano. Il dipinto sostituisce la pala precedente, dopo le depredazioni dell'ultima guerra.
Il tabernacolo e il paliotto della mensa sono di marmi policromi. Le pareti a destra e a sinistra del presbiterio sono ornate da due grandi tavole lignee con gli Evangelisti Matteo e Marco, attribuite - e forse non a torto – alla scuola di Giulio Romano. Con un doveroso restauro leggeremmo più chiaramente le non comuni qualità. Nei due altari laterali, ornati di stemmi gentilizi, ammiriamo l'accurata esecuzione degli intarsi marmorei di elegante disegno arabescato.

La grande navata