I Barnabiti si stabilirono a Livorno nei primi decenni del XVII secolo presso la chiesa di S. Sebastiano, fondata a partire dal 1632, ancor'oggi officiata dal medesimo Ordine.

Il Santelli narra che la Comunità barnabitica fu chiamata a Livorno per erudire la gioventù cittadina nelle materie scientifiche, mentre invece furono mandati al Livorno come missionari. Il primo Barnabita a mettere piede a Livorno fu P. Giovanni Ambrogio Mazenta di Milano, architetto, che mentre era Padre Preposto nel collegio barnabitico di Pisa fu chiamato da Cosimo I alla fine del 1500, a far parte del folto gruppo di architetti e ingegneri nella progettazione e costruzione della nuova chiesa in Livorno. In seguito l’Arcivescovo di Pisa Giuliano de’ Medici chiese al Padre Generale dei Barnabiti di concedergli due padri da inviare con l’incarico precipuo di penitenzieri nella Chiesa Maggiore. Ottenuto il benestare del Duca, furono inviati a Livorno i PP. Stefano Pellicani da Casalmonferrato e Gaudenzio Solari di Navarra che vi giunsero il 5 Gennaio 1629. Abitarono presso l’Ospedale della Misericordia, officiandone la chiesa di S. Francesco: il 1 Marzo 1629 si trasferirono in una casa affittata in Via S. Giuseppe, quindi ottennero una casa presso la Chiesa Maggiore dal Granduca con l’impegno di far giungere un altro padre, che fu P. Gabriele Spreafigi (o Spreafico). Nel 1630 scoppiò la peste a Livorno: i Barnabiti parteciparono all’opera di soccorso dei contagiati e il P. Pellicani fu prefetto dell’annona degli ospedali. Nel 1632, superato il flagello della peste, i livornesi decisero dunque di assolvere al voto fatto nel 1479, e nel 1631 con deliberazione del 12 Dicembre nell’occasione del contagio che rendeva la Toscana uno spettacolo di miseria e compassione, di erigere una Chiesa a S. Sebastiano, protettore degli appestati; la chiesa si ricavò da due capannoni delle Fornaci del Mulino a Vento.

Tutta l’opera fu affidata ai Barnabiti che si erano già trasferiti nei paraggi: essi ottennero il terreno il 6 luglio 1632; i lavori di costruzione dell’edificio furono condotti da Francesco Cantagallina, architetto del Duca Ferdinando. Alle spese per l’erigendo tempio votivo concorsero oltre al Duca che donò il terreno per erigere la chiesa, con atto rogato il 6 luglio 1632, anche i Padri Barnabiti stessi con elargizioni offerte loro da amici e da pie persone. Il 16 Agosto 1633 la chiesa veniva consacrata dall’Arcivescovo di Pisa, assistito dal Capitolo Primaziale della città: essa venne affidata ai Barnabiti in segno di perenne riconoscenza per l’opera caritativa svolta nel Lazzaretto a vantaggio spirituale e morale dei livornesi colpiti dal flagello della peste. La Venerabile Compagnia del Santissimo Sacramento e Santa Giulia di Livorno donò alla comunità barnabita una statua raffigurante S. Sebastiano da collocarsi nella chiesa in onore del Santo. La chiesa di S. Sebastiano secondo la testimonianza del Vivolì, "riportava la medesima unito anche il contitolo di S. Rocco. Il Gran Duca concedeva gratuitamente il terreno su cui erigerla valutato meno di scudi 2000. Veniva però imposto in tale circostanza ai ridetti Padri Barnabiti l’obbligo di eseguire ogni anno la Processione di S. Sebastiano, portandone per le strade della Città la Statua. Fissandosi che alla medesima sarebbero inoltre intervenuti il Clero del Duomo, i Rappresentanti della Comunità, i Padri Agostiniani, ed i fratelli pur anco della Confraternita di S. Giulia". Qualche anno più tardi, precisamente nel 1639, dopo un pellegrinaggio di Livornesi a Loreto si costruisce una cappella simile alla casetta di Maria nella basilica di Loreto.

La chiesa di S. Sebastiano subisce altri lavori di abbellimento: nel 1643 si fa fare una copia del Crocifisso di Sirolo presso Loreto nella Cappella a sinistra della casa di Loreto, e nel 1677 si fanno dei lavori di restauro. Nel 1683 si rialza il tetto della chiesa e si affresca la nuova volta. Presso la medesima chiesa di S. Sebastiano si formò la scuola pubblica dei Barnabiti a partire dall’8 Ottobre 1650. Essa fu costruita a spese degli stessi Barnabiti con il plauso della popolazione che viveva nelle vicinanze della chiesa di S. Sebastiano. Il 12 Novembre 1635 infatti i Padri Barnabiti comprarono una casa accanto alla chiesa da un certo Donato Cristiani Bergamasco per contratto segnato dal Notaio Giovanni Cannessi, per accrescere il collegio. Furono raccolte anche dagli abitanti della città molte offerte per mezzo del P. Spreafigi, che comprese quelle elargite dall’Arcivescovo Giuliano de’ Medici ammontarono a più di cinquanta mila lire. La Comunità pur di concorrere alla spesa generale con suo partito si obbligava a pagare 3823 Pezze. Essa fu inaugurata solennemente alla presenza di tutte le autorità e di una numerosa folla. Diverse furono le modificazioni introdotte nei programmi, ma non poche sono sempre state le materie d’insegnamento. I Barnabiti riuscirono subito nell'incarico dell’insegnamento ai giovani, guadagnandosi la stima e l’affetto degli alunni, grazie alla fine e morale educazione che essi ricevevano. La soppressione fatta dal Granduca Leopoldo II nel 1783 non incontrò l’approvazione del municipio e dei cittadini che con sollevazione del 31 Maggio 1790, festa di S. Giulia, ottennero dal nuovo Granduca Ferdinando III la riapertura. Le scuole durarono fino al 1886. Prima del 1810 esse erano le uniche in tutta la città ove si insegnasse la Fede in Cristo e la lingua italiana. Dopo la metà del secolo le scuola dei Barnabiti attraversarono un periodo di transizione: nel giugno 1855 il Governo le aveva ordinate a Liceo divise in due sezioni, la ginnasiale e la liceale. Nel 1860 poi trasportò altrove il Liceo che divenne il governativo Liceo G. B. Niccolini. Il ginnasio rimase per allora a S. Sebastiano diretto dai Padri. Nel 1867 vi fu mandato il preside Chiarini. I Padri tenevano pur tuttavia le scuole e vi insegnarono fino al 1883. Esse furono frequentate da insigni personaggi livornesi: il Guerrazzi riconosceva d’aver dai Barnabiti imparato a scrivere in italiano, Giovanni Marradi, Renato Fucini, mons. Pio Alberto del Corona, i vescovi di Livorno e Massa, Morteo e Bagalà Blasini, Michele Teroni, barnabita poi vescovo di Venosa, il P. Anacleto Catalani celebre predicatore, il P. Francesco Pentolini, il P. Antonio Tellini e il P. Paolo Savi, Francesco Pera, Enrico Mayer, Francesco Bonaini, Pietro Bastogi, Ernesto Rossi, Giuseppe Vivoli, Pietro Vigo, Aristide Nardini e molti altri. Altro insigne personaggio frequentatore della Scuola di S. Sebastiano fu Pietro Mascagni.

Bibliografia
1. AA.VV. "I religiosi a Livorno. Fratelli e padri." A cura di Giovanni Battista Damioli
2. Battista Pietro M. Bonini "Cenni storici ed artistici della chiesa di S. Sebastiano di Livorno"
3. "I Barnabiti nel IV centenario dalla fondazione 1533-1933"
4. Giovanni M. Germena "I Barnabiti. pp. 81 e segg. e "Le scuole dei Barnabiti. 1533 – 1933 nel IV centenario dell’approvazione dell’ordine" In "Vita Nostra"
5. P. Orazio M. Premoli B. "Storia dei Barnabiti nel Cinquecento"
6. Carlo Tesi "Livorno dalla sua origine sino ai nostri tempi"
7. G. Vivoli "Annali livornesi vol. III"