Da uno scritto di Padre Bonfilio (5/01/13 - 21/03/96) il racconto della ricostruzione dell'organo dopo la seconda guerra mondiale.

"Al fine di definire la pratica relativa all'organo in oggetto. si prega la S.V. di prendere contatti con funzionari di questo ufficio - Sezione I.
Padre Bonfilio, che legge per conoscenza, è pregato di accompagnare il Parroco titolare della chiesa stessa.
Così scriveva il Genio Civile in data 18 novembre 1965. Ma le pratiche erano cominciate molto tempo prima e cioè fin dai primi mesi del ritorno di P. Bonfilio in Livorno (ottobre 1963).
Per prima cosa si doveva fare una stima del vecchio organo. Una targhetta metallica ci ha facilitato il compito di rintracciare la ditta costruttrice: "Ditta Nicodemo Agati e Filippi Tronci di Pistoia". da questa ditta, che ormai non costruisce più organi, si è potuto rifarne la perizia: organo di 18 registri. Valore attuale Lit. 9.500.000 (oltre 90.000,00 euro attualizzate al 2011).
Furono interpellate varie ditte (Ruffatti, Tamburini, Mascioni), si è preferito il preventivo della ditta Ruffatti di Padova, anche perché il prezzo era relativamente più modesto, rientrando nella cifra del danno di guerra.
Dopo l'approvazione della Commissione di Arte Sacra, che richieder non 18, ma 20 registri, e dopo aver superato le varie difficoltà della burocrazia, si dà finalmente il via alla costruzione dell'Organo, avendo come consulente tecnico e consigliere il carissimo Don Aldo Biagioni, organista del duomo.
Il 28 novembre 1967, per incarico del Provveditorato alle OO.PP. per la Toscana, il M° Alessandro Esposito di Firenze esegue il collaudo dell'organo con l'intervento dell'Ing. Razzauti, collaudatore per la parte tecnica, del Geom. Panicucci, incaricato dal Genio Civile, del Sig. Giuseppe Ruffatti, costruttore dell'organo, e del nostro consulente Don Aldo Biagioni."